ニキシー管時計の設定には、背面の2つのボタンを使います。まずは、ボタンの位置を以下の図で確認してください。

時刻・日付の設定

時刻の設定

1. 時計が時刻を表示しているときに、Aボタンを長押しします。
2. 秒表示が消え、時表示が点滅したらAボタンから手を放します。
3. Bボタンを押して、時を調整します。長押しすると高速で調整できます。
4. 時の調整ができたらAボタンを押します。こんどは分表示が点滅します。
5. 同様にBボタンで分を調整します。
6. 最後にAボタンを押すと、時刻が確定します。Aボタンを押したタイミングで00秒からカウントを開始しますので、時報などに合わせてAボタンを押してください。

間違って時刻調整モードに入ってしまったら

時刻を調整しなくてもいいのに誤ってAボタンを長押しして時刻調整モードに入ってしまったら、そのままAボタンをさらに2回押して時刻調整モードを抜けてください。Bボタンをいちども押さなければ、時刻は変更されません。

日付の設定

1. 時計が時刻を表示しているときは、Aボタンをいちど短く押して日付表示モードにします。
2. 時計が日付を表示している間に、Aボタンを長押しします。
3. 年表示が点滅したらAボタンから手を放します。
   • （これ以降は時刻設定と同じ要領です）
4. Bボタンを押して、年を調整します。長押しすると高速で調整できます。
5. 年の調整ができたらAボタンを押します。こんどは月表示が点滅します。
6. 同様にBボタンで月を調整します。
7. 月の調整ができたらAボタンを押します。こんどは日表示が点滅します。
8. 同様にBボタンで日を調整します。
9. 最後にAボタンを押して調整完了です。

その他の設定

その他の設定は設定モードから行います。設定モードには、時計が時刻を表示しているときにBボタンを長押しすると入れます。以下の各設定では、設定モードの入り方から解説します。

数字の切り替わり方の設定（設定番号：01）

数字を切り替えるときに一瞬でパッと切り替えるか、ふんわり切り替えるか選べます。

1. 時計が時刻を表示しているときに、Bボタンを長押します。
2. 左2本のニキシー管が「01」を点滅し、ほかのニキシー管が消灯したらBボタンから手を放します。
3. Aボタンを短く押します。いちばん右のニキシー管も点滅を始めます。
4. Bボタンを押して設定を変更します。数字を一瞬で切り替える場合は、いちばん右のニキシー管が「0」を表示するまでBボタンを押します。ふんわり切り替える場合は「1」にします。（ほかの数字はまだ実験中なので今のところは設定しないでおいてあげてください。）
5. Aボタンを短く連続して2回押します。マウスのダブルクリックの要領です。時計が時刻表示に戻ったら設定完了です。

この設定を変更すると、設定内容に連動してコロン「：」の点滅のしかたも変わります。

コロンの光り方の設定（設定番号：02）

コロン「：」の点滅・点灯を選べます。

1. 時計が時刻を表示しているときに、Bボタンを長押します
2. 左2本のニキシー管が「01」を点滅し、ほかのニキシー管が消灯したらBボタンから手を放します。
3. Bボタンをもういちど押して、左2本のニキシー管が「02」になるようにします。（押しすぎて「03」以上になってしまったらBボタンをさらに繰り返し押すといずれ「01」に戻るので、もういちど「02」に合わせます。）
4. Aボタンを短く押します。右のコロンと一番右のニキシー管も点滅を始めます。
5. Bボタンを押して設定を変更します。いちばん右のニキシー管が：
   • 「0」の場合はコロンは常時点灯します。
   • 「1」では点滅します。
   • 「2」では左右にゆれるように点灯します。
6. Aボタンを短く連続して2回押します。マウスのダブルクリックの要領です。時計が時刻表示に戻ったら設定完了です。

コロンの点滅の周期は今のところ2秒周期のみです。

12時間・24時間表示の設定（設定番号：03）

デフォルトでは24時間表示になっている時刻表示を12時間表示に変更できます。

1. 時計が時刻を表示しているときに、Bボタンを長押します。
2. 左2本のニキシー管が「01」を点滅し、ほかのニキシー管が消灯したらBボタンから手を放します。
3. Bボタンをさらに2回押して、左2本のニキシー管が「03」になるようにします。（押しすぎて「04」以上になってしまったらBボタンをさらに繰り返し押すといずれ「01」に戻るので、もういちど「03」に合わせます。）
4. Aボタンを短く押します。右2本のニキシー管も点滅を始めます。
5. Bボタンを押して設定を変更します。 右2本のニキシー管が「24」では24時間表示、「12」では12時間表示です。
6. Aボタンを短く連続して2回押します。マウスのダブルクリックの要領です。時計が時刻表示に戻ったら設定完了です。

12時間表示の場合、0時と12時が「12時」表示になります。午前午後は見分けられなくなりますので注意してください。また、ここでの設定にかかわらず、時刻設定時は必ず24時間表示をします。

明るさの設定（設定番号：06）

ニキシー管の明るさを8段階から選べます。周囲の明るさに応じて自動的に明るさを調整するモードも選べます。

1. 時計が時刻を表示しているときに、Bボタンを長押します。
2. 左2本のニキシー管が「01」を点滅し、ほかのニキシー管が消灯したらBボタンから手を放します。
3. Bボタンをさらに5回押して、左2本のニキシー管が「06」になるようにします。（押しすぎて「07」以上になってしまったらBボタンをさらに繰り返し押すといずれ「01」に戻るので、もういちど「06」に合わせます。）
4. Aボタンを短く押します。いちばん右のニキシー管も点滅を始めます。
5. Bボタンを押して設定を変更します。いちばん右のニキシー管が：
   • 「0」の場合は自動明るさ調整モード、
   • 「1～8」の場合は明るさ固定モードです。
   • それぞれの設定に応じてニキシー管の明るさが変わるので、お好みのモードを選んでください。
6. Aボタンを短く連続して2回押します。マウスのダブルクリックの要領です。時計が時刻表示に戻ったら設定完了です。

自動明るさ調整モードでは、本体背面の明るさセンサーに入る光の量に応じてニキシー管の明るさを自動調整します。センサーが真上を向いているので、時計が棚の奥にあったりするとうまく調整できないことがあります。この場合は明るさ固定モードをご使用ください。

電源投入後30秒間は、ここでの設定にかかわらず、最大輝度（設定8と同等）で動作します。

シャッフル動作の間隔設定（設定番号：07）

ニキシー管の数字をシャッフルする動作をどれくらいの間隔で起動するか選べます。

1. 時計が時刻を表示しているときに、Bボタンを長押します。
2. 左2本のニキシー管が「01」を点滅し、ほかのニキシー管が消灯したらBボタンから手を放します。
3. Bボタンをさらに6回押して、左2本のニキシー管が「07」になるようにします。（押しすぎて「08」以上になってしまったらBボタンをさらに繰り返し押すといずれ「01」に戻るので、もういちど「07」に合わせます。）
4. Aボタンを短く押します。表示が変わり、全部のニキシー管が点滅します。
5. Bボタンを押して設定を変更します。
   • 表示が「00:00:00」のときは、シャッフル動作を行いません。
   • 「00:01:00」では、1分ごと（毎分00秒のとき）にシャッフル動作を行います。
   • 「00:10:00」では、10分ごと（毎10分00秒のとき）にシャッフル動作を行います。
   • 「00:30:00」では、30分ごと（毎正時、毎時30分00秒のとき）にシャッフル動作を行います。
   • 「01:00:00」では、1時間ごと（毎正時00秒のとき）にシャッフル動作を行います。
6. Aボタンを短く連続して2回押します。マウスのダブルクリックの要領です。時計が時刻表示に戻ったら設定完了です。

ニキシー管は、長い間点灯しない数字がその後点灯しにくくなる、という性質があるので、シャッフル動作をオフにして長期間ご使用になると、その後シャッフル動作をオンにしたときに一部の数字が点灯しなくなることがあります。シャッフル動作を鑑賞したいときにはご注意ください。

ネオンランプの輝度調整（設定番号：08）

ネオンランプの最低輝度を調整します。ネオンランプとニキシー管は点灯の特性が違うため、比較してネオンランプが暗く見えることがあります。このようなとき、ネオンランプを明るめに設定できます。

1. 時計が時刻を表示しているときに、Bボタンを長押します。
2. 左2本のニキシー管が「01」を点滅し、ほかのニキシー管が消灯したらBボタンから手を放します。
3. Bボタンをさらに7回押して、左2本のニキシー管が「08」になるようにします。（押しすぎて「08」を超えてしまったらBボタンをさらに繰り返し押すといずれ「01」に戻るので、もういちど「08」に合わせます。）
4. Aボタンを短く押します。右3本のニキシー管も点滅を始めます。
5. Bボタンを押して設定を変更します。数字が大きいほうがネオンランプが明るくなります。0から127まで設定できます。
6. Aボタンを短く連続して2回押します。マウスのダブルクリックの要領です。時計が時刻表示に戻ったら設定完了です。

この設定は、全体の表示をある程度暗くしてから行うほうが簡単に行えます。先にニキシー管の輝度調整（上記の設定番号：06）を2～3に設定してから、こちらの設定を行ってみてください。

時刻と設定の保持について

時刻はバッテリーバックアップで保持しています。時計の電源を抜いても、本体下部のバッテリーを使って、計時を継続します。

バックアップバッテリーはCR1220で、寿命は（時計の電源が入っていない期間で）概ね半年～1年です。時計の電源が入っていない状態で、バックアップバッテリーが切れるかバックアップバッテリーを抜くかした場合は、日付と時刻が00年1月1日00時00分にリセットされます。

表示等の設定は、本体の不揮発メモリーに記録されていますので、電源を抜いてもバックアップバッテリーを抜いても消えません。

設定をクリアするには

何らかの理由で設定をオールクリアしたいときは、以下の手順で行えます：

1. 時計の電源を落とします。
2. AボタンとBボタンを両方とも押したままにします。
3. ボタンを押したまま、時計の電源を入れます。ボタンはそのまま押し続けます。
4. そのまま3秒ほど待つとブザーが3回鳴ります。ブザーが鳴ったらボタンから手を放します。

この手順で設定をクリアしますが、日時はクリアされません。日時も同時にクリアする場合は、手順2の前にバックアップバッテリーを取り外してください。